Molekulové vzorce organických sloučenin se zapisují shodně s černotiskem a podle stejných pravidel jako molekulové vzorce anorganické. Při zápisu vzorce se užívá prefix pro řetězec velkých písmen, jehož platnost není přerušena sníženými čísly, která určují počty jednotlivých prvků v molekule:

U obecných vzorců, kde v indexu jsou číslice i písmena, není možné zkráceného zápisu použít. Čísla v indexech se zapíší s číselným znakem, každý index musí být uzavřen znakem konce indexu a každá značka prvku je s prefixem pro velké písmeno:

Racionální vzorce jsou v organické chemii nejfrekventovanější. Pro vyznačení struktury a vazeb ve vzorcích se užívají následující znaky:

Znak začátku a konce rozvětvení řetězce se užívá i v případě, že je třeba vyznačit polohu i jediného prvku mimo hlavní řetězec.

U vzorců uhlovodíků s přímým řetězcem se zapisují jednotlivé skupiny atomů v molekule a mezi nimi se vyznačují příslušné vazby.

Pokud celý řetězec molekuly tvoří pouze znaky velkých písmen, vztahuje se prefix pro řetězec velkých písmen na celou molekulu, bez ohledu na přerušení řetězce vazbami. Počty jednotlivých prvků ve skupinách se zapisují sníženími čísly, znaky vazeb nejsou odděleny mezerami:

V případě, že molekula obsahuje sekundární nebo terciární uhlík, je zápis racionálního vzorce ve dvou až třech řádcích. V takovém případě je nejvhodnější názorný tyflografický obraz, který zachycuje jednotlivé vazby a jejich orientaci v kombinaci s braillským zápisem jednotlivých skupin prvků. Po vytvoření představy o stavbě molekuly přecházíme k zápisu rozvětvených řetězců do jediné řádky podle následujících pravidel:

• prvky nebo skupiny prvků, které nejsou součástí hlavního řetězce, se zapisují mezi znaky začátku a konce rozvětvení řetězce
• pro zápis rozvětveného řetězce se ty skupiny prvků, které jsou v černotisku zapsány pod rovinou hlavního řetězce, zapíší mezi znaky začátku a konce rozvětvení řetězce před uhlík, na kterém se řetězec větví. Skupiny prvků, které jsou zapsány nad rovinou řetězce, se zapíší mezi znaky začátku a konce rozvětvení řetězce za uhlík, na kterém se řetězec větví
• zapisuje-li se poloha jen jedné skupiny umístěné mimo hlavní řetězec, zapíše se vždy za prvek, na kterém je vázána, a to bez ohledu na její umístění v černotiskovém zápise
• vazby se zapisují jen v hlavním řetězci, prefix pro řetězec velkých písmen platí pro celý řetězec

Poznámka – ve vzoru pro přepis do bodového písma znaky nahrazují znaky pro začátek a konec rozvětvení řetězce, které se v černotisku nevyskytují vůbec.

Pokud je v rozvětvení řetězce násobná vazba, vyznačí se bezprostředně za znakem začátku rozvětveného řetězce:

Tam, kde se v černotisku nevyznačují ve vzorci jednoduché vazby, nevyznačují se ani v bodovém přepisu a jednotlivé skupiny prvků se zapisují za sebou bez mezery:

Při zkráceném zápisu molekul s dlouhým uhlíkatým řetězcem se ve shodě s černotiskem nepíší opakující se skupiny do závorek a sníženým číslem se zapíše jejich počet. Dvojná vazba se zapisuje mezi jednotlivými atomy v řetězci a nikdy se nemůže zapsat k sumárnímu zápisu opakující se skupiny prvků v závorce. Je tedy jednoznačné, kdy se jedná o sníženou číslici a kdy o násobnou vazbu:

Přesahuje-li zápis racionálního či sumárního vzorce jednu řádku, rozdělí se znakem pro rozdělení matematického zápisu (pátý bod), který se na novém řádku neopakuje. Jsou-li ve vzorci vazby vyznačeny, rozdělí se vzorec v místě vazby, která se na začátku nového řádku zopakuje.

– jestliže je v molekule prvek, jehož značka obsahuje i malé písmeno, zapíše se tento prvek s prefixem pro velké písmeno. Prefix pro řetězec velkých písmen na začátku zápisu celé molekuly se vztahuje na všechny prvky, které nemají vlastní prefix.

– uvnitř znaků pro rozvětvení řetězce se nevyznačují pouze jednoduché kovalentní vazby, všechny ostatní se musí zapsat, a to bezprostředně za znak začátku rozvětvení řetězce:

Strukturní vzorce cyklických uhlovodíků se zapisují principiálně stejně jako strukturní vzorce alifatických uhlovodíků; mezi znaky pro začátek a konec rozvětvení řetězce se zapisují prvky či vedlejší řetězce vázané mimo cyklus. Pokud je na prvek cyklu vázán jediný další prvek či řetězec mimo cyklus, zapíše se vedlejší řetězec za prvkem cyklu:

Z přepisu strukturního vzorce je zřejmé, že cyklus tvoří pouze atomy uhlíku, mezi nimiž jsou vyznačené vazby. Prvky, které jsou mezi znaky začátku a konce rozvětveného řetězce, jsou vázány vně cyklu.

Pokud jsou na jednotlivé prvky cyklu vázány další dva prvky, pak postup zápisu je obdobný jako v předchozím případě; ten prvek, který je zapsán jako první ve směru pohybu hodinových ručiček, se zapíše mezi znaky začátku a konce rozvětvení řetězce před znak cyklu, druhý prvek se zapíše stejným způsobem za prvek cyklu:

Vazba na číslo jedna na konci řetězce určuje, že cyklus se uzavírá na první prvek hlavního řetězce.

Je zřejmě, že zápis strukturovaných vzorců organických sloučenin je v bodovém písmu značně rozsáhlý, a proto je vhodnější jejich tyflografické vyjádření. Pro přepis do bodového písma jsou nejvhodnější vzorce racionální, které vyjadřují jak složení, tak i podstatné uspořádání organické molekuly.